تناول مركز المسبار في كتابه التسعين لشهر يونيو (حزيران) 2014 حكم الإخوان المسلمين في مصر. تمحورت الدراسات حول أبرز 
العوامل التي أسقطت نظام «المرشد» وعجلت بانهياره، وكشفت عن مساوئ الإسلام السياسي المصري في إدارة الدولة.  لم تقتصر الأبحاث على تبيان الأخطاء السياسية والاقتصادية التي كادت أن تدفع مصر إلى حافة الهاوية في فترة زمنية لا تتخطى السنة الواحدة من وصول محمد مرسي إلى سدة الرئاسة، بل رصدت «جذور التمكين» وتغوله في «أخونة» المؤسسات الرسمية، وقامت بتشريح المغالطات في السياسة الخارجية المصرية وطرحت بعض السيناريوهات المتوقعة خلال فترة الحكم الجديدة بعد ثورة 30 يونيو (حزيران).
 
قدم أستاذ الاقتصاد في أكاديمية السادات، أنور النقيب دراسة تقويمية للأداء الاقتصادي في مرحلة حكم الإخوان المسلمين، مفنداً عبر الأرقام والإحصاءات الأخطاء التي وقعت فيها الجماعة. ركزت الورقة البحثية التي جاءت تحت عنوان: «الاقتصاد المصري في مرحلة حكم الإخوان المسلمين» على التقويم الاقتصادي لحكم الإخوان خلال عام (من 30 يونيو (حزيران) 2012 إلى 3 يوليو (تموز) 2013) وهي فترة حكم محمد مرسي، وبما أن السياسات الاقتصادية غالباً ما تأخذ فترة لبيان آثارها، فإن التقويم الاقتصادي الذي أجراه الباحث يتم بناء على ركائز عدة هي: الفلسفة وامتلاك الرؤية، وترجمة تلك الرؤية، والإدارة الفعلية، بالإضافة إلى النتائج المتحققة.